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特种合金集装箱和集装箱用铝合金都是用于制造集装箱的材料，但它们之间有一些区别。
特种合金集装箱可能采用多种特殊的合金材料制成，这些材料根据具体的需求经过特别的处理和制造，以应对特定的环境或应用，某些特种合金可能具有极高的强度和硬度，可以承受极端的温度、压力、腐蚀或其他恶劣条件，这些特种合金集装箱可能用于军事、航空航天、石油化工等高端领域。
铝合金是一种广泛应用的轻量、耐腐蚀的金属合金材料，广泛用于制造集装箱，集装箱用铝合金通常具有良好的成型性、可焊接性和抗腐蚀性，同时也相对经济实惠，铝合金集装箱主要用于公路、铁路、水路和航空运输等领域。
特种合金集装箱可能采用更高端、更特殊的材料制造，以应对更特定的环境和应用需求，而集装箱用铝合金则更注重经济性、实用性和耐久性，具体应用还需要根据实际需求和环境来选择合适的材料。